Celem ochrony na obszarach Natura 2000 jest utrzymanie różnorodności

biologicznej poprzez zabezpieczenie zagrożonych i reprezentatywnych

dla danego terenu typów siedlisk przyrodniczych oraz

zagrożonych i rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Oznacza to, że nie

powinny ulec zmniejszeniu powierzchnia siedlisk i areał występowania

gatunków, a stan siedlisk i populacji nie powinny ulec pogorszeniu.

Realizacja tych celów wpisuje się w zadania Pienińskiego Parku

Narodowego, na terenie którego w całości leży obszar Natura 2000.

Spora część leśnych siedlisk Natura 2000 objęta jest w Pieninach

ochroną ścisłą, zapewniającą naturalną dynamikę zbiorowisk. Dzięki

takiej ochronie procesy rozkładu i odnawiania się drzewostanów

zachodzą bez zakłóceń, zapewniając wielką różnorodność mikrosiedlisk

dla roślin, grzybów i zwierząt. Nie wszystkie pienińskie lasy mają

charakter naturalny. Część z nich, w przeszłości zastąpiona przez

człowieka świerczynami, wymaga obecnie przebudowy popierającej

gatunki rodzime, głównie jodłę i buka.

Półnaturalne zbiorowiska łąkowe, dla utrzymania ich charakteru

i zróżnicowania gatunkowego, wymagają ochrony czynnej. Zachowanie

tych zbiorowisk możliwe jest tylko przy utrzymaniu ekstensywnego

użytkowania kośnego. Nieużytkowane łąki przekształcają

się w bujne ziołorośla, a następnie zarastają krzewami i drzewami.

Innym zagrożeniem jest intensyfikacja użytkowania (silne nawożenie,

podsiewanie wysokoplennych gatunków traw), prowadząca do

zubożenia składu florystycznego łąk. Młaki ochronić można tylko

poprzez utrzymanie stałego poziomu uwodnienia gleby i usuwanie

pojawiających się krzewów i drzew.

Największym zagrożeniem dla muraw kserotermicznych oraz występujących

się krzewy, a w konsekwencji zawilgocenie. Zabiegi ochronne

polegają na usuwaniu pojedynczych drzew lub okrzesywaniu ich gałęzi

oraz wycinaniu krzewów. Niepożądane są zwarte łany tarniny,

derenia, a także bujne kępy leszczyny. Mogą natomiast pozostawać

kępy jałowców, róż i berberysu, które nie rosną zbyt szybko i nie ocieniają

murawy oraz są miejscem występowania rzadkich gatunków

porostów.

Najbardziej zagrożonym ekosystemem wodnym na terenie Pienin jest

ekosystem rzeki Dunajec, którego funkcjonowanie zostało zaburzone

poprzez budowę zapory. Należy więc dążyć do zachowania poniżej

zapory przepływów wody zbliżonych do naturalnych.

Rozwój budownictwa wokół obszaru stanowi poważne zagrożenie

dla zachowania drożności korytarzy ekologicznych łączących Pieniny

z sąsiednimi pasmami górskimi. Zachowanie drożności szlaków

migracji umożliwi prawidłowe funkcjonowanie populacji dużych ssaków

kopytnych i drapieżnych.

Specyfiką obszaru Natura 2000 Pieniny jest mozaika własności. Tylko

około 57% powierzchni stanowią grunty Skarbu Państwa, na których

wykonywanie zabiegów ochronnych odbywa się bez przeszkód. Pozostała

część to grunty innej własności i wszelkie działania ochronne

na tym terenie mogą odbywać się tylko na zasadzie kompromisu

pomiędzy właścicielem, a zarządzającym terenem chronionym. Pozytywnym

przykładem takiej współpracy jest utrzymanie muraw kserotermicznych

na gruntach gminy Czorsztyn, we wsiach Sromowce

Niżne i Sromowce Wyżne.

Nieodłączną częścią wszystkich programów ochronnych jest monitoring

stanu ekosystemów i gatunków, w tym kontrola efektów wykonywanych

zabiegów. Obserwacje te od lat prowadzą pracownicy PPN.

Ważną rolę dla perspektywy ochrony obszaru Natura 2000 Pieniny

odgrywa jego pograniczny charakter. Po drugiej stronie granicy, na

Słowacji, utworzono bliźniaczy obszar Natura 2000 (SKUEV0337).

Jest to kontynuacja długiej historii międzynarodowej współpracy

na rzecz ochrony przyrody w Pieninach. To tutaj, w 1932 r., wraz

z utworzeniem pierwszego parku narodowego w Polsce i rezerwatu

przyrodniczego na Słowacji, powstał pierwszy w Europie i drugi na

świecie pograniczny obszar chroniony. Rozpoczęta wówczas międzynarodowa

współpraca na rzecz ochrony przyrody Pienin jest nadal

żywa, a zdobywane doświadczenia wykorzystywane są po obu stronach

granicy.